Учреждение функционирует с 1997 года как средняя школа № 15. В 2004 году школа получила статус «Средняя общеобразовательная школа № 15 с углублённым изучением отдельных предметов».

В 2005 году была разработана программа развития «Школа на пути в завтра (непрерывное информационное образование)». Работа над данной программой позволила в 2007 году учреждению стать лауреатом конкурса «Лучшие школы Подмосковья» (6 место) в номинации «Школа успешных учеников». В 2011 году разработана Программа развития «Школа информационного века (лицей с отрытой архитектурой)», победившая в Приоритетном национальном проекте «Образование».

В 2008 году, по результатам работы по программе развития, школа получила статус МОУ лицей «Серпухов».

Уделяя большое внимание здоровому образу жизни всех участников образовательного процесса, с 2007 года лицей «Серпухов» стал областной опытно-экспериментальной площадкой Педагогической академии последипломного образования, кафедры человековедческих технологий и физического воспитания по теме «Здоровьесберегающие технологии как фактор формирования здорового образа жизни учащихся начальной школы».

По результатам рейтинга, проводимого СПА г. Серпухова «Комитетом по образованию», лицей «Серпухов» с 2007 по 2012 год являлся победителем и призёром среди школ города.

Педагогический коллектив лицея в 2011 году начал работу по внедрению федеральных государственных стандартов нового поколения в учебный процесс: прошло обучение учителей начальной школы и администрации на курсах повышения квалификации; изучены нормативные документы по ФГОС; разработана образовательная программа в начальной школе по УМК «Перспектива».

В 2011 году коллектив лицея «Серпухов» принял участие в конкурсе региональных инновационных площадок по направлению «Распространение лучших образовательных практик», что позволило учреждению в 2012 году стать пилотной площадкой ГОУ ВПО Московской области «Академия социального управления».

На протяжении нескольких лет, внедряя инновационные образовательные программы, повышая уровень преподавания, учителя лицея «Серпухов» участвуют в Приоритетном Национальном проекте «Образование»: 7 педагогов являются победителями ПНПО.

В лицее создан комплексный музей «Чувство Родины», который на протяжении многих лет является победителем городских конкурсов. На базе музея строится вся работа по патриотическому воспитанию учащихся лицея. Благодаря этой работе наше учебное заведение добивается высоких результатов в городе, на областных и Всероссийских конкурсах. В течение 5 лет лицей «Серпухов» является победителем городского Форума «Юные наследники славы земли Серпуховской».